Cafodd Gruffudd ap Cynan ei eni yn Nulyn i fam Norwyeg, Ragnell a thad o Gymru, Cynan, a thrwyddo olrheiniodd ei gyndeidiau’n ôl i’r rheolwr Cymraeg mawr o’r 9fed ganrif, Rhodri Mawr. Bu ei daid, Iago, yn Frenin ar Wynedd tan iddo gael ei lofruddio ym 1039, ac ym 1075, hwyliodd Gruffudd o Ddulyn gyda’i fyddin Wyddelig i hawlio’i enedigaeth-fraint.

Ar ôl rhai llwyddiannau cychwynnol yn erbyn Trahaearn ap Caradog (hawliwr arall i orsedd Gwynedd), ymgiliodd Gruffudd i Iwerddon. Ond ym 1081, dychwelodd gyda chyfuniad o lu Sgandinafaidd a Gwyddelig. Brwydrodd a lladdodd Trahaearn ym Mrwydr Mynydd Carn a chymerodd orsedd Gwynedd am yr eildro.

Yn fuan wedi hynny, mae’n ymddangos trwy frad un o’i wŷr ei hun, cafodd Gruffudd ei garcharu am sawl blwyddyn gan Hugh o Gaer, Iarll Normanaidd. Ar ôl dihangfa ddramatig, ffodd i Iwerddon unwaith yn rhagor, wedyn dychwelodd i arwain gwrthsafiad Cymru yn erbyn y Normaniaid (a oedd erbyn hyn yn rheoli rhannau mawr o Ogledd Cymru). Cynigiodd Iwerddon noddfa unwaith eto ym 1098, ond yn y flwyddyn ganlynol, dychwelodd Gruffudd i Wynedd eto, lle arhosodd tan ei farwolaeth. Gyda chymorth Brenin Magnws III o Norwy, cafodd y Normaniaid eu gorfodi allan o Ogledd Cymru. Ym 1101, daeth Gruffudd i gytundeb gyda Brenin Harri’r I o Loegr a roddodd llawer o Wynedd iddo.

Cafodd Gwynedd dan deyrnasiad Gruffudd ei ddisgrifio “wedi’i haddurno ag eglwysi wedi’u gwyngalchu fel y sêr yn y ffurfafen.” Roedd yn oes aur, yn adeg o sefydlogrwydd gwleidyddol a ffyniant. Ailadeiladodd Gruffudd Eglwys Gadeiriol Bangor, a oedd wedi’i dinistrio gan y Llychlynwyr ym 1073. Cafodd ei gladdu wrth yr allor fawr ar ôl ei farwolaeth yn 82 oed.